Wezwanie na kontrolę skarbową budzi stres nawet u przedsiębiorców, którzy nie mają nic do ukrycia. Znajomość procedury zmienia jednak wiele – pokazuje, czego można się spodziewać, jakie masz prawa i dlaczego pełnomocnictwo dla biura rachunkowego bywa najważniejszym dokumentem na cały czas trwania kontroli.
Kontrola podatkowa, a kontrola celno-skarbowa
Fiskus może sprawdzić Twoją firmę na dwa różne sposoby, z różnymi zasadami. Kontrolę podatkową przeprowadza naczelnik urzędu skarbowego, na podstawie przepisów Ordynacji podatkowej, i co do zasady musi Cię o niej zawiadomić z co najmniej 7-dniowym wyprzedzeniem.
Kontrola celno-skarbowa, prowadzona przez Krajową Administrację Skarbową, ma szersze uprawnienia i może zostać wszczęta bez wcześniejszego zawiadomienia, na podstawie upoważnienia okazanego w momencie jej rozpoczęcia. To druga sytuacja budzi najwięcej niepokoju, ale w praktyce dotyczy zwykle spraw o wyższym ryzyku – podejrzenia oszustw karuzelowych, dużych rozbieżności w rozliczeniach czy zabezpieczenia dowodów.
Prowadzisz firmę i chcesz mieć księgowość pod kontrolą?
Skontaktuj się z Agmer – sprawdzimy, jaki zakres obsługi będzie najlepszy dla Twojej firmy.
| Kontrola podatkowa | Kontrola celno-skarbowa | |
|---|---|---|
| Kto prowadzi? | Najczęściej naczelnik właściwego urzędu skarbowego | Naczelnik urzędu celno-skarbowego |
| Podstawa prawna | Ordynacja podatkowa oraz przepisy prawa przedsiębiorców | Ustawa o Krajowej Administracji Skarbowej |
| Zawiadomienie | Co do zasady urząd zawiadamia o zamiarze kontroli. Kontrola rozpoczyna się nie wcześniej niż po 7 dniach i nie później niż przed upływem 30 dni od doręczenia zawiadomienia. | Nie wymaga wcześniejszego zawiadomienia. Kontrolowany może dowiedzieć się o niej w momencie doręczenia upoważnienia do przeprowadzenia kontroli. |
| Zakres | Przede wszystkim sprawdzenie prawidłowości wykonywania obowiązków podatkowych, np. VAT, PIT lub CIT | Znacznie szerszy – oprócz prawa podatkowego obejmuje m.in. prawo celne, akcyzę, gry hazardowe, prawo dewizowe i inne obszary należące do kompetencji KAS. |
| Możliwość korekty deklaracji | Korektę można złożyć przed rozpoczęciem kontroli. W czasie kontroli prawo do korekty w zakresie nią objętym jest zawieszone, a wraca po jej zakończeniu. | W zakresie kontroli podatkowej prowadzonej przez UCS podatnik ma 14 dni od doręczenia upoważnienia na korektę. Kolejna możliwość pojawia się po doręczeniu wyniku kontroli – również w terminie 14 dni. |
| Jak się kończy? | Doręczeniem protokołu kontroli. Jeśli podatnik nie zgadza się z ustaleniami, ma 14 dni na przedstawienie zastrzeżeń lub wyjaśnień i wniosków dowodowych. | W przypadku kontroli podatkowej – doręczeniem wyniku kontroli. Jeśli stwierdzono nieprawidłowości i podatnik ich nie skoryguje albo korekta nie zostanie uwzględniona, kontrola może przekształcić się w postępowanie podatkowe. |
| Zasięg działania organu | Zasadniczo kontrolę prowadzi właściwy organ podatkowy | Naczelnik UCS może prowadzić kontrolę na całym terytorium Polski, niezależnie od miejsca siedziby firmy. |
Od 2026 roku kontrole są bardziej planowe
Od 1 stycznia 2026 roku, na mocy przepisów o deregulacji prawa gospodarczego, kontrole przeprowadzane są zgodnie z okresowym planem kontroli, poprzedzonym analizą prawdopodobieństwa naruszenia prawa w danej branży czy grupie podatników.
W praktyce oznacza to, że typowanie do kontroli w coraz większym stopniu opiera się na analizie danych – w tym JPK_VAT i systemu STIR – a nie na przypadkowym doborze firmy. Nieregularne rozliczenia, nagłe zwroty VAT czy rozbieżności między deklaracjami a danymi kontrahentów zwiększają statystyczne prawdopodobieństwo kontroli.
Ile trwa kontrola?
W przypadku kontroli przedsiębiorcy przepisy Prawa przedsiębiorców określają roczne limity czasu trwania wszystkich kontroli prowadzonych przez dany organ. Wynoszą one:
- 6 dni roboczych – dla mikroprzedsiębiorców,
- 18 dni roboczych – dla małych przedsiębiorców,
- 24 dni robocze – dla średnich przedsiębiorców,
- 48 dni roboczych – dla pozostałych przedsiębiorców.
Nie są to jednak bezwzględne limity dla każdej sytuacji. Prawo przedsiębiorców przewiduje wyjątki, m.in. gdy kontrola jest konieczna do przeciwdziałania przestępstwu lub wykroczeniu skarbowemu albo zabezpieczenia dowodów.
Kontrola celno-skarbowa działa według innych zasad – co do zasady powinna zostać zakończona bez zbędnej zwłoki, nie później niż w ciągu 3 miesięcy od jej wszczęcia. Jeżeli urząd nie zdąży w tym terminie, musi pisemnie poinformować kontrolowanego o przyczynie opóźnienia i wskazać nowy termin zakończenia kontroli. W praktyce oznacza to, że bardziej skomplikowana kontrola celno-skarbowa może trwać dłużej niż trzy miesiące.
Dodatkowo ważna zmiana od 1 stycznia 2026 r. to skrócenie limitu dla mikroprzedsiębiorców z 12 do 6 dni roboczych. Wprowadzono też ograniczenia częstotliwości kontroli zależne od kategorii ryzyka przedsiębiorcy – przy niskim ryzyku co do zasady nie częściej niż raz na 5 lat, a przy średnim – raz na 3 lata.
Co urząd skarbowy najczęściej sprawdza?
Najczęściej weryfikowane dokumenty to:
- faktury sprzedażowe i zakupowe,
- ewidencje VAT,
- pliki JPK,
- deklaracje podatkowe,
- księgi rachunkowe lub podatkowa księga przychodów i rozchodów,
- umowy,
- potwierdzenia płatności.
Urząd ma też prawo do tzw. kontroli krzyżowej – może zweryfikować dokumenty bezpośrednio u Twoich kontrahentów, żeby porównać, czy transakcje po obu stronach się zgadzają. To standardowa praktyka, nie sygnał, że coś jest nie tak z Twoją firmą.
Twoje prawa w trakcie kontroli
Masz prawo do czynnego udziału w kontroli, składania wniosków dowodowych i odwołania się od decyzji, jeśli się z nią nie zgadzasz. Masz też prawo do złożenia korekty deklaracji w określonych terminach – zarówno na początku kontroli, jak i po otrzymaniu jej wyniku, zanim sprawa przejdzie w formalne postępowanie podatkowe. Skorzystanie z tego prawa we właściwym momencie czasem pozwala uniknąć eskalacji sprawy do pełnego postępowania z odsetkami i sankcjami.
Kontrola może odbywać się w siedzibie firmy, ale jeśli działalność jest zarejestrowana pod adresem domowym, urząd ma prawo wejść również tam. Kontrola może też przebiegać bez Twojej osobistej obecności, jeśli ustanowiłeś pełnomocnika do reprezentowania Cię w tej sprawie.
Dlaczego pełnomocnictwo dla biura rachunkowego ma znaczenie?
Pełnomocnictwo ogólne to najszerszy zakres umocowania, jaki możesz nadać, ale do samej kontroli często wystarczy pełnomocnictwo szczególne, ograniczone do konkretnej sprawy. Wyznaczenie osoby, która koordynuje kontakt z urzędem – najczęściej Twojej księgowej lub doradcy podatkowego – porządkuje cały proces – każde pismo jest analizowane przed wysłaniem, dokumenty trafiają do urzędu w uporządkowany sposób, a Ty nie musisz samodzielnie interpretować każdego pisma pod presją czasu.
Jak przygotować firmę, zanim przyjdzie zawiadomienie
- Uporządkuj dokumentację według okresów rozliczeniowych, nie tylko chronologicznie – łatwiej wtedy odnaleźć konkretne dokumenty na żądanie kontrolującego.
- Ustal z góry, kto w firmie odpowiada za kontakt z urzędem, i przygotuj dla tej osoby (lub biura rachunkowego) pełnomocnictwo, zanim będzie potrzebne w trybie pilnym.
- Sprawdź spójność danych między deklaracjami, JPK i fakturami – to pierwsze miejsce, w którym kontrolujący szukają rozbieżności.
- Jeśli kontrola już się zaczęła i widzisz błąd we własnych rozliczeniach, rozważ korektę w dostępnym terminie, zamiast czekać na wynik kontroli.
Przykład
Spółka z Krakowa otrzymała zawiadomienie o kontroli podatkowej dotyczącej rozliczeń VAT za ostatnie dwa lata. Dzięki wcześniej ustanowionemu pełnomocnictwu dla biura rachunkowego, cały kontakt z urzędem – od odbioru pism po przygotowanie dokumentów – przeszedł przez księgową, a właściciel firmy nie musiał przerywać bieżącej pracy operacyjnej. Uporządkowana dokumentacja pozwoliła odpowiedzieć na większość żądań kontrolujących w ciągu kilku dni, bez pośpiechu i bez ryzyka pomyłki w przekazywanych danych.
Jak może pomóc Agmer?
Agmer przygotowuje klientów do kontroli zanim ta się zacznie – porządkuje dokumentację, sprawdza spójność danych między JPK a fakturami i działa jako pełnomocnik w kontakcie z urzędem na podstawie wcześniej ustanowionego pełnomocnictwa, żeby właściciel firmy nie musiał zajmować się tym samodzielnie.
Jeśli chcesz sprawdzić, czy Twoja firma jest przygotowana na ewentualną kontrolę, albo już otrzymałeś zawiadomienie, umów się na bezpłatną 15-minutową konsultację albo zadzwoń do naszego biura w Krakowie.
Gotowy, żeby skupić się na biznesie zamiast na podatkach?
Pierwsza konsultacja jest bezpłatna i trwa 15 minut. Odpowiemy w ciągu jednego dnia roboczego.
